Quali sono le tecniche di sequenziamento di seconda generazione?

• DNA genomico: Intero genoma (la sequenza completa - piccoli genomi) Esoma (solo la parte di DNA trascritto in RNA, esoni) ...
• Trascrittoma: RNA totale. mRNA. ...
• Epigenoma: ChIP-Seq (Chromatin immunoprecipitation sequencing: DNA o RNA a cui sono legati specifiche proteine)

Quali sono i diversi approcci utilizzati nei sistemi di sequenziamento Next Generation?

Attività e laboratori IZSVe con tecnologie NGS

sequenziamento acidi nucleici di sintesi (prodotti di PCR) (SCS5); metatassonomica (analisi metagenomica dell'rDNA16S batterico) (SCS1); whole genome sequencing batterico (SCS1); whole genome sequencing virale (SCS5);

Cos'è un Esoma?

L'esoma è la parte del genoma formato da esoni che rappresentano la porzione codificante del nostro DNA. Pur essendo solo 1% di tutto il nostro materiale genetico, esso è costituito da oltre 30 megabasi di DNA ed è responsabile di tutta (o quasi) la costruzione del nostro organismo.

Quale tecnica consente di ricostruire la sequenza del DNA dopo che è stato frammentato?

Grazie alla tecnica del sequenziamento del DNA, che consente di determinare l'ordine delle basi azotate, siamo in grado di “leggere” il codice genetico. Dopo un sequenziamento, quello che si ottiene è un ordine di basi del tipo ATCGATCGAATTGGCCTTAA ecc.

A cosa serve la PCR?

La PCR è una tecnica di biologia molecolare per replicare ripetutamente (amplificare), in modo estremamente selettivo, un tratto definito di DNA del quale si conoscano le sequenze nucleotidiche iniziali e terminali, partendo da una soluzione di DNA (nucleare, organellare, plasmidico, virale ecc.)

Che cos'è la tecnica del DNA ricombinante?

È una porzione di Dna (la molecola elicoidale che contiene le informazioni genetiche) nella quale è stato introdotto un gene che appartiene a un organismo estraneo e che contiene le informazioni necessarie per stimolare (o anche inibire) la produzione di una particolare proteina.

Quanto costa sequenziare il genoma?

Sequenziare la parte codificante del mio genoma è costato 1000 euro, ma per tutto quello che serve per interpretare i dati si arriva come minimo a 3000 euro; costi proibitivi per la gente, ma nei prossimi anni questi costi scenderanno e anche di molto.

Come si Sequenzia una proteina?

L'analisi della sequenza primaria di proteine avviene frammentando un amminoacido alla volta a partire dall'estremità N-terminale. Staccando un amminoacido alla volta con un opportuno reattivo, e riconoscendo l'amminoacido con un opportuno metodo di rivelazione, potremmo ricostruire la sequenza.

Cosa sono i Desossiribonucleotidi Trifosfati?

DNTP (o dNTP) è una sigla che indica un generico deossinucleoside trifosfato. La sua struttura è analoga a quella dei nucleotidi solitamente incorporati nella doppia elica di DNA. Per la precisione si tratta della forma di nucleotide che la DNA polimerasi utilizza nella formazione della catena.

Cosa si intende per analisi Whole Genome Sequencing WGS )?

GENOME/EXOME SEQUENCING (WGS)

Per Whole Genome (re)Sequencing (WGS) si intende il (ri)sequenziamento di un intero genoma (WGS), sia esso Virale, Batterico, Fungino, Animale o Vegetale. Fornisce la mappa più completa della composizione genetica di un organismo.

Quante sono le varianti identificate da Whole Genome Sequencing in un genoma umano?

Secondo una stima di Craig Venter (nel 2007) i geni sarebbero 23.224, mentre secondo Jim Kent (2007) sarebbero 20.433 codificanti e 5.871 non codificanti.

Quando è stato sequenziato l'intero genoma umano?

Il 15 febbraio 2001 furono pubblicati i primi risultati del sequenziamento del genoma umano, un'impresa scientifica straordinaria che ha cambiato il volto della medicina. Ma che fu anche una guerra senza esclusione di colpi fra due menti geniali e diverse, quelle di Craig Venter e Francis Collins.

A cosa serve amplificare il DNA?

È detta anche reazione a catena della polimerasi, in inglese Polymerase Chain Reaction (PCR). L'amplificazione genica è utilizzata per la ricerca e la diagnosi di determinate malattie, in tutti quei casi in cui si rende necessario individuare o analizzare un acido nucleico.

Cosa serve per fare una PCR?

La PCR consiste in 3 passaggi che vengono ripetutamente ciclicamente da una macchina per PCR: denaturazione, ricottura e estensione, con quest'ultima che di fatto moltiplica materialmente il DNA. Ognuna di queste fasi può essere lunga 20-30 secondi e venire ripetuta più di 30 volte, a seconda del protocollo.

Quali elementi sono indispensabili per la PCR?

Gli elementi utilizzati per la PCR sono un DNA di partenza, chiamato templato, un enzima in grado di sintetizzare nuovo DNA, ovvero la DNA polimerasi, i nucleotidi, i quali sono i suoi substrati, essendo i “mattoncini” che costituiscono il DNA, e due corti frammenti di RNA, chiamati primers, che permettono l'attività ...

A cosa si riferisce il parametro coverage in un'analisi di sequenziamento?

Il termine "Coverage" in NGS descrive sempre una relazione tra reads (frammenti sequenziati) e un riferimento (Reference, ad esempio un intero genoma, un locus o una posizione), a differenza della profondità di sequenziamento che descrive il numero di reads totali.

Come si studia il genoma?

Nella genomica comparata si confrontano le sequenze genomiche di organismi diversi per individuare i geni presenti in un organismo e assenti in un altro, al fine di mettere in relazione questi risultati con la rispettiva fisiologia. La genomica comparata fornisce anche un solido sostegno alla teoria dell'evoluzione .

Come leggere il DNA?

Nella corsia della provetta A si trovano frammenti di DNA di lunghezza differente terminanti con la lettera A. Lo stesso vale per le altre tre corsie. Il genetista può quindi leggere il gel, procedendo dal basso verso l'alto. Se il più piccolo frammento di DNA si trova nella corsia della provetta C, si annota una C.

Che cosa si intende per ereditabilità di un carattere?

In genetica si definisce ereditabilità per un particolare carattere la componente di quel carattere dovuta ai geni, espressa come valore numerico da 0 (nessuna influenza genetica su quel carattere) a 1 (carattere dovuto interamente ai geni).

Cosa è l'analisi Esomica?

ESOMA CLINICO DIRETTO: Si analizzano gli esoni di un insieme di geni conosciuti che potrebbero giustificare i sintomi presenti nel paziente. Questo tipo si consiglia quando si ha il sospetto di una malattia che può essere causata da differenti geni (es. Osteogenesi Imperfetta, Charcot-Marie-Tooth, Sordità).

Che cosa si intende per eterogeneità genetica?

eterogeneità In genetica, l'esistenza di diverse mutazioni che causano fenotipi simili.